在应用中还发现，等离子体表面处理仪无法很好地去除附着在玻璃光学元件上的指纹，指纹是常见的污染物。低温等离子(全)也无法完全清洗出指纹，但是这样做须要廷长加工处理時间，此时又不得不考虑这会对基材的性能造成不利影响。因此，还需采取其它清洗措施来配合预处理。这使得清洗过程更加复杂。
有无法用此法去除物体表面的切削粉，这点在清除金属表面上的油垢时表现尤其明晰。实际应用表明，不能用其清洁度极高的油污，尽管等离子体表面处理仪对少量附着在物体表面的油垢有较好的效果，但其清除效果(果)较厚的油垢却并不理想。一方面使用它可以清除(清除)油膜，必须廷长加工处理時间，使清洗费用大大增加，另一方面，其与厚油垢互相接触时，引起油垢分子结构中的不饱和键发生聚合、偶联等复杂反应，从而形成硬质的树脂化立体网状结构。这样的树脂膜一旦形成，他就难以被清除(除)。所以一般只需使用正峰等离子体面仪对厚达数微米的油污进行清洗。
等离子体表处理仪的工艺要求对其进行真空加工处理，且通常是在线的，也是批量的，所以在引进等离子体表处理仪生产线时，被清洁工件的储存、移交问题必须考虑在内，尤其在所加工处理的工件体积较大、数量较多时，更应考虑这一问题。
然而，在工业应用中，我们发现一些橡胶和塑料零件在表面连接时很难粘接。由于聚丙烯、PTFE等橡胶、塑料材料无极性，这些材料的印刷、粘接和涂覆效果极差，不经表面处理而无法进行。有些方法是使用一些化学物质来加工处理这些橡胶表面，这会改变橡胶和塑料材料的粘接效果（水果），但这种方法不容易掌握，化学物质本身有毒，操作非常麻烦，成本高，化学物质也会影响橡胶和塑料材料的原始优良性能。采用等离子体面加工处理仪对这类材料进行表面处理，并在高速、高能量等离子体的轰击下，表面形成了一层活性层，从而使橡胶、塑料能够进行印刷、粘合、涂覆等操作。